Logo IKMAL terdiri daripada empat (4) warna iaitu merah, putih, kuning dan biru, seperti bendera Malaysia;
Ia terdiri daripada tiga (3) helai kain berwarna merah, kuning dan biru, lambang kepelbagaian latar belakang pelajar SMAP dan ahli Pertubuhan dan lambang keupayaan SMAP untuk melahirkan generasi intelek di dalam pelbagai bidang;
Segitiga di belakang ketiga-tiga kain tersebut berwarna putih, lambang kesucian hati yang bersih dan seginya pula melambangkan didikan SMAP yang didasarkan kepada mottonya sendiri “Berilmu, Beriman dan Beramal”.